公开履历显示，吴海平出生于1967年6月，浙江东阳人，大学学历、法学学士学位，中共党员，1989年7月参加工作。

曾任南宁海关办公室法律室主任(副处级)、办公室副主任兼法律室主任、法规处副处长、法规处处长，北海海关关长、党组书记等职。

2008年4月任南宁海关副关长、党组成员(副厅局级)，2011年7月任海关总署加工贸易及保税监管司副司长(副厅局级)，2014年7月任太原海关关长、党组书记(正厅局级)

2017年3月赴厦门工作，任厦门海关关长、党组书记（正厅局级），2018年调任南京海关党组书记、关长，后任南京海关党委书记、关长。

今年4月公开报道显示，吴海平已任海关总署综合业务司司长，至此番履新。